副業の確定申告について

現在契約社員として働いていますが、年末まで副業をしていました。副業が禁止されている為、本業の会社に副業がわからない形で確定申告できる方法を教えてください。
現状は
＜本業＞
年末に年末調整を提出済み。住民税は給料天引き。

＜副業＞
副業先で源泉徴収票が提出されています。年収５０万ほど。

『質問１』
副業分は確定申告になると思いますが、住民税の徴収方法を分けたいのですが全ての自治体で可能でしょうか。住んでいるところの税務署に電話で問い合わせたところ住民税は合算になるので徴収方法は１通りにしかできないと言われてしまいました。
別々にしてもらえる方法はないでしょうか。

『質問2』
質問１が無理であれば、他に副業が本業にわからない申告の方法はないでしょうか。

どうぞ宜しくお願いいたします。