はじめまして。税理士の小林慶久です。宜しく御願いします。
御質問の順番に従って以下に回答させて頂きます。

回答１
現状の交通費も込みの給与収入金額を前提として、去年の額をベースに半額分の給料は、１，６４７，０６０円でそれに対する給与所得控除額は、５８４，８６０円ということになり、至近の７月から年末までの６ケ月間だけならば、平成２４年７月から事業を開始したということで青色申告の届けをされ、要件を備え、青色申告特別控除の６５万円を適用出来れば、計算上は他の経費が無くても、７月からの収入を事業所得として算定すれば、所得税及び住民税、国民健康保険の計算上も全て、給与収入に計上するよりか、そちらの方が有利になります。
　ちなみにこれからの事も視野に入れ、１年間分のトータルで判断しようとすると、上記の前提で青色申告特別控除分の６５万円＋必要経費の金額が給与所得控除額の１，１６９，７２０円を超えれば、すなわち必要経費として年間に計上出来る金額が５１９，７２０円を超過するのであれば、長期的に判断して会社からの収入を報酬としてもらった方が、諸々の税金を含む公租公課の負担の面に注目した場合に、良いと言えるかもしれません。

回答２　
　回答１の流れを踏まえつつ、御質問で列挙された経費について必要経費として認められる割合は、それぞれ以下の割合を目安にして頂ければと思います。

家賃及び水道光熱費　　・・・　一人暮らしでいらっしゃるということで概ね５０％
通信費　　　　　　　　・・・　コンピューター関連の業務に関して報酬を頂いていらっ
しゃるのなら８０％、そうで無ければ５０％
交通費　　　　　　　　・・・　実費

　証拠書類に関しましては、必ずしも領収証でなくても、レシートで大丈夫です。

今後の方向性

（１）これから給与所得にするか、報酬にするかという以前に、まず現状の給与収入を前提とするなら、本来非課税なはずの交通費をかもがいさんの課税対象から外してもらうべく、年末調整の際に修正してもらい、交通費を除いた金額で平成２４年分以降の源泉徴収票を作成してもらうように業務をされている会社に依頼して下さい。

（２）上記（１）で指摘させて頂いた内容に関連し、平成２３年分以前について源泉徴収票を最大限所得税の時効の範囲内の７年前まで遡って過年度の交通費分を除外して会社に源泉徴収票を作成し直してもらい、かもがいさん個人の確定申告ないし更正の届出等をされれば、従
来の結果として過大に払っていらっしゃることになる所得税等が還付されることになると思います。交通費以外にもおそらく、かもがいさんは、年末調整を会社でしてもらっていないため、国民健康保険料等を社会保険料控除として計算されていないのではないのかと懸念致します。ゆえに国民年金（年額約１６万円）と国民健康保険（推定で約２０万円）の計およそ３６万円×現在の会社での勤続年数分が控除漏れになっていらっしゃると推察する次第であります。それも合わせて遡って修正出来ると考える次第です。

（３）回答１、回答２で答えさせて頂いた内容を元に、事業所得の申告における青色申告特別控除を適用出来ることを前提に、必要経費として計上出来る金額が年間に概ね５２万円以上あること、車やパソコン等業務関連で比較的大きな買い物をされる時や、メインで御勤めの会社以外からも収入の見込みがあること、例えば御両親の
ような親族に対して、かもがいさんの青色事業専従者として給料を支払えるような態勢が整った時等のタイミングで現状の給与収入から、報酬として収入を得て事業所得として申告することへシフトするように考えたら如何でしょうか？

2012/8/9 木曜日