確定申告やりなおしにつきまして

妻のパート先の件で、私の扶養手当が受けられる限度額内での勤務をお願いしておりましたが、シフトの関係か限度額を超えそうになり、パート先、経営者にその旨を申告したところ、過去に勤めていた人の名前を使用し、本人分とあわせタイムカードを二重で押していたとのこと。この件が今回、表沙汰になり問題となっています。この不正が行われていた期間は約３年間です。

質問１：過去３年間をさかのぼり、確定申告をやりなおせば、問題はないのでしょうか？

質問２：この件で私の勤務先の扶養手当を３年間さかのぼり返納ということになるのでしょうか？

質問３：妻は問題視していたようですが、経営者に言えず、３年間不正をおこなっておりましたが、罪に問われてしまうのでしょうか？

質問３は税理士の仕事の範疇外に思えますので、お答えできるようであればでお願いします。