住宅ローン控除は自分で確定申告する必要がある？

初めまして。
現在正社員として働いており、来月から副業でアルバイトを始める予定の者です。

自分で確定申告について色々調べたのですが、よくわからなかったのでお教え下さい。

会社は一応副業禁止となっていますが、副業していた社員は多く、副業分の住民税を普通徴税にも変えていない人ばかりでしたので、事務の方がズボラなのか目を瞑ってくれてるのかわかりませんが、そこから会社に知られることはないようです。

ちなみに今年は副業の収入が20万を超えないので、確定申告は行わず、役所へ住民税の申告を行いたいと思っています。

やっと本題なのですが、来年の年末調整なのですが、生命保険等の控除は会社の年末調整で手続きをしても問題はないと書いてありました。
ですが、住宅ローン控除については、会社て手続きせず、確定申告申告の際にしなければならないと聞いたのですが、本当でしょうか？

そうなると今まで会社で手続きをしていたのに、会社で怪しまれる恐れがあると思い、心配しております。
どうかご教示ください。