源泉はあるのになぜ？

今の会社にパートで入って１年４か月です。以前は、新店で１年近くや半年などの長さで仕事していました（いずれも閉店しました。）
課税証明書を取りましたが、０円の収入でした。
今回、課税証明書が必要で取りに行くと、申告されていませんでした。
源泉は会社からもらいました。
以前は働いていたけど、収入は０円の証明書もスムーズに取れたのに、今回はなぜですか？
源泉が上がっていたら申告はすんでいるはずでは？
源泉が出てるのに証明書が取れないのはなぜですか？変な話、０円の課税証明書が出てもおかしくないんじゃないですか？
すみません、うまく言えてませんがよろしくお願いします。