領収書の記載方法

はじめまして。
お忙しいところ誠に恐縮ですが、質問させていただきます。

私は、ある派遣会社の派遣スタッフです。]
会社の就業規則により、年に一度、
医療機関で健康診断を受けなければなりません。
来年の１月に生活習慣病健診を受診する予定です。
費用は31,500円で、会社はそのうち1,000円のみ負担してくれます。

会社のスタッフから、次の内容で出金伝票を記載し、
領収証を添えて提出するよう求められました。
【支払先】私の氏名
【金　額】31,500円
【摘　要】健康診断受診
派遣スタッフ全員が、以上の内容で伝票を提出します。
ですが、私は経理には素人ですが、どうも釈然としません。
私が会社から戻してもらえる金額は1,000円で、
残額は自己負担ですので、
記載する金額は1,000円が正しいような気がするのですが‥？

31,500円と記載しますと、
全額を会社が経費として負担したような扱いになってしまう気がするのですが‥？

私は派遣スタッフという弱い立場ですので、
お答えをいただいても特に何かするということはできませんが、
後学のため、正しいことと正しくないことは知っておきたいと思います。

もし的外れな質問でしたら、どうか一笑に付してください。
よろしくお願いいたします。