i日本年金機構の事務的ミス

年金機構の事務的ミスで、老齢配偶者１名が０とされてしまい、源泉徴収額が多くなりました。年金機構に問い合わせたところ、すでに過年分なので処理は不能、確定申告の時点で訂正される筈と言われました。税務署に対して特別な手続きはいりますか？

所得税の確定申告をすれば、最終的に同じ結果となりますので、確定申告をすれば宜しいかと思います。
現在確定申告をしていない場合、確定申告をする事によって逆に納付となる可能性もございますが、いずれにしましても計算しないと分からない話ですので、ご自身で税務署へ行って確定申告をするか、税理士にご依頼される事をお勧めいたします。