赤字になり申告するのを止めていたのですが、今後はどうすればいいですか？

個人事業主でお店を経営してるんですが3年間ぐらいは申告してたんですが不景気で赤字になり申告するのをやっていなかったんですが今後どのようにしていったらいいです？

赤字のため申告していないということですので、白色申告者の方と思います。
事業が赤字で他の所得がないときは申告義務はありません。今後利益が出るようになれば申告されればいいでしょう。
ただ、国民健康保険などのためには住民税の申告はされた方がいいでしょう。