市民税都民税、国民保険料の減額の可能性について

市民税都民税、健康保険料の減額の可能性を探しています。
現在、個人事務所のような小さな会社で固定給をもらっています。
健康保険は国保です。会社から引かれているのは所得税だけです。
今年度の市民税と健康保険料の額がかなり高額（40万円以上）で参っています。

昨年の給与支払額は 3,294,120円で
給与所得控除後の金額は 2,124,400円
所得控除の額の合計額は 380,000円
源泉徴収税額は、87,200円　となっております。

給与には交通費が 一年分で192,720円 含まれています。
ただ、交通費としてではなく給与のなかに含まれてしまっています。
ほかの会社からの収入はありません。
昨年度の確定申告はしていません。
配偶者なし、生命保険未加入、など他に控除となる要素は見当たりません。
恥ずかしながら年金も未納です。

以上の状況から減額される可能性はあるでしょうか。
おととしまでフリーで適当に生きていたため無知でお恥ずかしい限りです。
どのくらい減額されるのか、まず何をすればいいのか知りたいのです。
また、現在給与として支払われている額面（通勤費込み）を、所得税10％引きの「報酬」として受け取る契約に変えたほうがいいのかどうかも、今後のために伺いたいです。