確定申告について

初めまして。

実は確定申告の事で質問があります。
（困っています）

一昨年、妻と結婚して妻は去年の５月に仕事を始めました。

その会社は、契約社員として入社時に現在夫の扶養に入っているなら健康保険はそのままその健康保険に入っていて下さいと言われました。

その時は、「あれ？」と思っていたのですが会社側からそう言われていたのでその通りにしており私の会社にも扶養を外さずにいました。

しかし、給料をもらってみるとだいたい毎月２０万円弱で所得税など税金は一切引かれていませんでした。

これでは、扶養を外さないといけないのでは？と思いつつも健康保険の事もあり私の会社に提出した年末調整の紙には妻の収入を０円と記入し提出してしまいました。

そして、一週間ほど前に妻の会社から自分で確定申告をするようにと言われたので修正申告をした方がいいのか？
また、修正申告した場合には私の勤務している会社に知られたらまずいのではないかと心配でなりません…。

違法な事はしたくないので、どうか税理士さんのアドバイスをいただきたいと思い相談させていただきました。

どうぞ、よろしくお願いいたします。