マンション賃貸収入と修理費について

昨年６月末までアメリカに駐在していましたが、駐在期間中、日本のマンションを賃貸していました。　帰国後も明け渡しの関係で２ヶ月ほど、賃貸が継続していました。　帰国後は２か月分の家賃が入ってきましたが、返却時に９年間もの賃貸で、相当痛んでいたので、一部を賃貸人の敷金で充当しましたが、９年となると経年変化分とういことで、あまりたくさんの金額を充当できませんでした。　傷ついたフローリングの張替え等、賃借人が地震の時に電灯の笠を洗浄していて落下物で破損してしまったので照明の取替えも含めて、２００万円超えてしまいました。　家賃が２か月分だと約３０万円ですが、その差額を給与の源泉調整の修正で確定申告できるのでしょうか？