過去の所得税に関して

契約パートで勤めている会社が、３年前に財団法人に変わってからの所得税を、丙欄扱いにしていたのが間違いだったので３年分納めて下さい、と言い出しています。監査が入ったので。
でも扶養控除内で働いているのでどうせ還付されるのですが、いったん払えというのですがおかしくないですか？
会社を通してでなく、個人で税務署に行き交渉しても一度納付しなくてはならないんでしょうか？