社員から請負に変わった時の確定申告

病気で体調が悪く通院や治療などで社員としての働きが出来そうにないということで社員ではなく、請負という形で仕事を、という事になってます。ですが仕事内容は今まで通りで社員とほぼ同じように出来ています。

確定申告を何回かしています、給与だと思っていたので給与として申告をしていましたが違うのでしょうか。
一人親方という事で良いのでしょうか？