給与所得については、給与所得控除が概算経費としてとらえられており、基本的には必要経費を所得から差し引くことはできません。
ただし、給与所得者が特定支出をした場合、その年の特定支出の額の合計額が給与所得控除額を超えるときは、確定申告によりその超える金額を給与所得控除後の金額から差し引くことができます。
特定支出は、以下の5つをいい、給与の支払者が証明したものに限られます。
1．一般の通勤者として通常必要であると認められる通勤のための支出
2．転勤に伴う転居のために通常必要であると認められる支出のうち一定のもの
3．職務に直接必要な技術や知識を得ることを目的として研修を受けるための支出
4．職務に直接必要な資格を取得するための支出
5．単身赴任などの場合で、その者の勤務地又は居所と自宅の間の旅行のために通常必要な支出のうち一定のもの

なお、給与支払者から補てんされている部分がある場合、その額は差し引かれます。

相談者の方の場合、上記3．が該当する可能性があります。

該当する場合に必要な書類としては、給与所得の源泉徴収票の他に、特定支出に関する明細書、給与の支払者の証明書、支出を証する書面を申告書に添付する必要があります。

質問1　事業所得等（給与所得、退職所得以外の所得）の合計額が20万円を超える時には、お勤め先の年末調整とは別に確定申告が必要になります。
質問2　基本的にはわかりません。ただ、住民税額は上記確定申告反映後（会社からもらう給与所得プラス副業の所得）で算出されることになります。住民税の徴収方法を特別徴収（会社の給与から天引き）にしている場合は、自治体から会社へ、天引きする住民税額の通知が行きます。会社が支給している給与額に比して徴収額が多いため、気づく場合があるでしょう。それを避けるには、住民税の徴収方法を普通徴収（自分で納付する）に切り替えるという方法もあります。