売上、仕入、経費を市販の記帳ソフト（弥生会計など）にすべて入力していくことになります。ご自分で入力する場合は、領収書や請求書を１つ１つ、その内容に合わせた適切な費目で入力する必要があります。
文房具を購入したレシートがあれば、事務用消耗品費などの費目で入力していきます。
ただ、１）その時に入力のルールや税務上のルールが沢山あります。２）また、慣れない方が行うと予想以上の時間がかかります。
そのため、少なくとも簿記２級くらいの知識がないとご自分で入力するのは難しいと思います。
例えば同じタクシー代でも旅費交通費になるケースと、交際費になるケース等があります。
これらのルールを１つ１つ覚えていくのはとても大変なので、簿記の知識が十分にない場合は、記帳をすべて代行してくれる税理士事務所に依頼されることをお勧めします（記帳代行といいます。当事務所でも対応しています）。