住宅ローン減税に関する確定申告を行う従業員の責任波及について

現在、住宅ローン減税を受けている従業員が転勤することとなり、対象となる住宅に転勤後、居住しないこととなります。年調で住宅ローン減税手続を会社では受付けることができないことや転勤後、税務署で適正な措置をとるように、会社側は本人に指導しております。一方で従業員本人は確定申告で住宅ローン減税手続を行う旨の発言をしています。この場合、従業員本人の自由意志で行う確定申告行為に関し、会社は給与支払者としてなんだかの罰則を受けることはあるのでしょうか?
会社は何が何でも確定申告を止めさせないといけないのでしょうか?基本的には確定申告をするしないの行為は個人の自由であり、そこまで会社が関与することはできないと思う一方、知ってしまったからには止めさせる義務があるのでしょうか?ご教授下さい。

川崎市の税理士の五味英樹と申します。
私見ですが、ご回答差し上げます。

会社側としては年末調整について住宅ロ-ン減税を行わないことしか責を負いません。
なぜなら、本人が自分の意思で確定申告を受けることに関しては、知らないところで行われるからです。
年末調整をしてしまって税務調査が入ったとすると源泉徴収の不足額が出てしまうので会社が不納付加算税、延滞税を負担しなければなりません。
一方、本人が確定申告をして修正を求められた場合は本人が過少申告加算税、延滞税の負担をします。
ご安心ください。
会社には責任は及びませんので。

以上、回答とさせていただきます。
宜しくお願いいたします。

税理士 五味英樹事務所

2012/11/21 水曜日