フリーランス：乙欄で源泉されず甲欄で処理された場合の確定申告

年末調整及び確定申告についてお尋ね致します。

状況：
■フリーランスとして週に３日A社に勤務。会社の厚生年金にも健康保険にも加入しておらず、契約社員として働いています。
■ライターとして、B社、C社からも収入を得ています。
■主な収入源はA社だが扶養控除申告書は入社時提出しておらず、乙欄税率と思っていました。

質問：
年末調整の書類を提出するようA社から再三促されましたが、入社時から確定申告しますと伝えていました。
よくよく聞くと、入社時４月～11月まで私の税金を甲欄の税率で計算していたそうです。心配になったので、今から扶養控除申告書と年調の書類を出すので会社で年末調整お願いします、と伝えたところ、12月から乙欄で計算するので、今までの分は確定申告して払ってくださいと言われました。それで問題ないのならいいのですが、心配です。
ネットで調べると、会社として源泉税を納めるのは義務なので、入社時からさかのぼって計算し直し、１２月分からまとめて控除すべきだ、との記述も見つけ、どちらが正しいのか分からなくて困っています。

A社の経理担当は、今年監査が入って問題が見つかってとても慌てていたり、普段からミスや勘違いも多いので、信頼できず、ご教示いただけると幸いです。

どうぞよろしくお願い致します。