一括して修繕費として処理して差しつかえないです。といいますのは、そのほうが車検代がいくらかかったかあとで帳簿からあとから検索しやすメリットがあるからです。
もちろん、内訳別に印紙は租税公課、保険料は保険料などとわけて仕訳処理してもよいと思います。そこは会社判断でかまわないでしょう。

資本的支出とすべきか修繕費として経費として処理できるかにつきましては、よほど大きな改造などを車検と一緒にやらなければ、原状回復費用として修繕費として処理することができると思います。

御社は消費税の課税事業者でしょうか？もし、課税事業者でしたら、印紙代、保険料（非課税）、作業手数料（課税）と消費税の取扱いはわける必要があります。