青色申告をする場合は、「青色申告承認申請書」を税務署に提出しなければなりません。
今現在、提出していないとすると、平成21年分は青色申告はできません。今年の3月15日までに提出すれば、平成22年分の申告から青色申告できます。

ご自宅の一部を事業用の事務所にしているとのことですが、自宅を取得するときの借入金のうち、事務所にしている部分に対応する借入金の支払利息は必要経費にすることができます。
いつも事務所として使っている部分の床面積が、全体の床面積のうちのどれくらいを占めるかで按分計算する方法が一番いいと考えられます。
また、自宅の建物の取得価額のうち、事務所にしている部分は減価償却費として必要経費にすることができます。

ただし、住宅ローン控除を受けている場合には控除額が少なくなったり、または受けられなくなる場合もあります。