青色申告の控除について

基本的なことかと思いますが、ご確認させて下さい。

控除の考え方として、総合課税の所得から引ききれない時は分離課税の所得から引くという流れになると理解しております。
上記は青色申告時の控除（経費や事業専従者給与や65万円の特別控除等）についても同様でしょうか？

当方が調べた限りでは、青色申告の控除は総合課税の所得からしか引けない（＝引ききれない時でも分離課税からの控除にまわせない）ように思われたのですが・・・