単身赴任の帰宅交通費

単身赴任の主人の帰宅交通費のことでお聞きします。
会社より、単身先からの帰宅交通費がもらえることになっているのですが、いつも、さきに主人が先払いをして領収書決算で、給料と合わせて振込されます。
そのため、給与額が増えてしまい、所得税が大幅に増えてしまっているようで、実質、給与が減額になってしまっています。
これは、確定申告で申請することはできないのでしょうか？